1987
wird Dr. Bernd Götz Intendant. Das Brandenburger Theater erregt Aufmerksamkeit mit der Entwicklung von Stücken speziell für jugendliche Zuschauer, z.B. „Nullbock“ von Bernd Keßler.

1989
wird Lothar Schlimme für lediglich ein Jahr als amtierender Intendant eingesetzt. In der Wendezeit öffnet das Theater seine Pforten für diverse Diskussionsrunden zu aktuellen kommunalen und politischen Themen. Im Spielplan spiegelt sich die veränderte politische Situation durch Christoph Hein`s „Die Ritter der Tafelrunde“ wieder. Vor der Aufführung aller Stücke wurden die jeweils aktuellsten Aufrufe des „Neuen Forum“ verlesen.

1990-1993
Mit Beginn der Spielzeit 1990/91 wird Ekkehard Prophet als Intendant berufen und später auf Beschluss der Stadtverordnetenversammlung in feierlicher Form zum Generalintendanten ernannt.
Unter seiner Intendanz werden neue Spielstätten erschlossen. So hat 1990 Dürrenmatts „Romulus der Große“ in der Jägerhalle Premiere, 1991 Hebbels „Herodes und Mariamne“ im Dom, 1992 Shakespeares „Ein Sommernachtstraum“ im Theaterpark, 1993 Kusz` „Burning Love“ im Malsaal sowie Goethes „Faust I“ im Kloster. In diesen Jahren erfolgt eine publikumswirksame und anhaltende Hinwendung zum Genre Musical. Regisseurin Kerstin Heidel-Polenske inszeniert nacheinander „Anatevka“ (1992), „Jesus Christ Superstar“ (1993), „La Cage aux Folles“ (1994). Besonders „Anatevka“ mit Ekkehard Prophet in der Rolle des Tevje ist so beliebt, dass es bis 1997 immer wieder in den Spielplan übernommen wird und über 50 Aufführungen erreicht. Im Ballett erfolgt in diesen Jahren unter Sigrun Kressmann eine Neuorientierung zum Tanztheater; für die kleinsten Zuschauer wird die Puppenbühne unter Wolfgang Rudolph etabliert. Aus dem Opernrepertoire ragt Konrad Christian Gökes „La Boheme“-Inszenierung heraus, mit der das Ensemble ins Ruhrgebiet eingeladen wird. Damit beginnt für das Brandenburger Theater eine Zeit intensiver Gastspieltätigkeit.

1994
gehen die Brandenburger Symphoniker erstmals mit ihrem GMD Heiko Mathias Förster auf USA-Tournee.
Ekkehard Prophet stellt, trotz der hohen Akzeptanz gegenüber seiner Person im Ensemble und in der Stadt Brandenburg, sein Amt infolge von Vorwürfen zu seiner Vergangenheit zur Verfügung. Amtierender Intendant wird Harald Arnold.
Am 29. Oktober nahm die noch unter Ekkehard Prophet neuerrichtete Studiobühne den Spielbetrieb mit dem Stück „La cage aux Folles“ auf.
Am 26. November hat der „Hauptmann von Köpenick“ Premiere. Mit diesem Stück geht das Schauspiel des Theaters auf Deutschland-, Österreich- und Italientournee.

1995
wird Harald Arnold von Michael Muhr abgelöst, um ein Jahr später für kurze Zeit noch einmal als Intendant ins Amt berufen zu werden.

1996
wird unter Michael Muhr die Brandenburger Theater GmbH gegründet und am 01. Januar ins Handelsregister eingetragen. Alleiniger GmbH-Gesellschafter ist die Stadt Brandenburg an der Havel.

1997
Die Brandenburger Symphoniker gehen im Frühjahr mit ihrem Dirigenten GMD Heiko Mathias Förster und Solisten auf Konzerttournee durch Südafrika.
Mit der letzten Vorstellung von „Anatevka“ (insgesamt 78 Vorstellungen mit 12.559 Besuchern) im Großen Haus erfolgt am 17. Oktober um 21.30 Uhr durch den Abriss des alten Bühnenhauses der Startschuss für die Errichtung eines CuIturCongressCentrums. Nach Fertigstellung dient es dem Brandenburger Theater als Spielstätte.

1998
wird Prof. Wolfgang Ansel im März zum Intendanten berufen. Am 29. Juni findet in der Baugrube neben dem Theater die feierliche Grundsteinlegung für das neue Theatergebäude statt.
Die dritte große Konzerttournee führt die Brandenburger Symphoniker im Herbst nach Japan.

1999
wird die Brandenburger Theater GmbH im März mit einer finanziellen Krise konfrontiert, die zur Entlassung eines Großteils der Beschäftigten und damit zur Auflösung der künstlerischen Sparten führt. Am 16. Juni, einen Tag nach der letzten Vorstellung des Ensembles, findet das feierliche Richtfest für das neue Gebäude in Anwesenheit des brandenburgischen Kulturministers Steffen Reiche und des Brandenburger Oberbürgermeisters Dr. Helmut Schliesing statt.
Mit Beginn der Spielzeit 1999/2000 wird Thomas Höft Intendant des Theaters.